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Sebastian Heindl erhielt seine musikalische Grundausbildung im Thomanerchor und studierte im Anschluss Kirchenmusik an der Musikhochschule Leipzig bei Martin Schmeding (Orgel) und Thomas Lennartz (Improvisation) sowie Chordirigieren bei Tobias Löbner, Gregor Meyer und Thomaskantor Andreas Reize. Er leitete Bachkantaten im Rahmen von Gottesdiensten in Leipziger Kirchen und dirigierte Joseph Haydns Schöpfung mit dem Hochschulchor und dem Leipziger Sinfonieorchester.
In den letzten Jahren erregte Heindl durch zahlreiche Wettbewerbserfolge internationale Aufmerksamkeit. 2019 gewann er in den USA den Longwood Gardens International Organ Competition, welcher als einer der renommiertesten Orgelwettbewerbe gilt. Aufgrund seines einnehmenden Charismas und seiner Experimentierfreudigkeit ist Heindl inzwischen ein gefragter Orgelvirtuose in Kirchen und Konzertsälen weltweit. Konzertreisen führten ihn in viele europäische Länder, nach Kanada, in die USA und nach Russland.
Während der COVID-19-Pandemie entstanden zahlreiche Aufnahmen unter anderem im Rahmen des Bachfestes Leipzig und in der Digital Concert Hall der Berliner Philharmoniker. Durch eine rege Aktivität auf seinem eigenen YouTube Kanal konnte Heindl tausende Menschen für die Orgelmusik begeistern.
Seit März 2023 ist Sebastian Heindl im Amt des Organisten und Kirchenmusikers der Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche tätig und ist in dieser Position allwöchentlich in Berlin zu hören.
In der Saison 2024/25 debütiert Sebastian Heindl mit Saint-Saëns’ „Orgelsinfonie“ bei den Berliner Philharmonikern.